Duplicity macht ja einen guten Job, wenn man wirklich auf die Kleinigkeiten achtet.
Bei mir, also Debian Jessie; Hetzner Backupspace; sftp, gibt es das Problem, dass das Backend paramiko, welches die Defaulteinstellung ist, nicht korrekt funktioniert. Ich verwende das Backend pexpect.
Blöd ist nur, wenn man das in seinem Backupscript als Option eingetragen hat, beim Aufruf der Housekeeping Funktionen remove-older-than und cleanup vergiss, mit anzugeben. Damit funktioniert das Aufräumen nicht und irgendwann ist der BACKUP Space voll und das wars dann mit der Delta Sicherung 
Also Anmerkung an mich selbst, wenn man ein Script anpasst, dann auch wirklich einen Zyklus im Log überprüfen und oder das Script Zeile für Zeile angucken 
Hier ein paar Einträge die mich beim suchen hoffentlich fündig werden lassen, wenn's noch mal klemmt.
duplicity --ssh-backend pexpect cleanup -v9 --force sftp://user@user.your-backup.de/var
nohup duplicity --ssh-backend pexpect remove-all-but-n-full 3 -v8 --force sftp://user@user.your-backup.de/var
nohup duplicity remove-older-than 2M -v9 --ssh-backend pexpect --force sftp://user@user.your-backup.de/var